Selon une étude dirigée par le Prof. Adi Stern et la doctorante Sheri Harari de l’Ecole de biomédecine et de recherche sur le cancer de l’Université de Tel-Aviv en collaboration avec le Centre médical Sourasky (Ichilov), les variants du Covid-19 se forment probablement chez les patients atteints de Covid long qui souffrent d’immunodépression.
Selon les chercheuses, le système immunitaire affaibli de certains de ces patients, en particulier dans la zone des poumons, permet au virus de s’installer dans leur organisme et d’y évoluer sans restriction. D’après elles, l’étude souligne l’importance de la protection des personnes immunodéprimées à risque élevé, qui sont également susceptibles de constituer un «incubateur» pour les prochains variants.
« Depuis le début de l’épidémie du Covid-19, la vitesse à laquelle le virus évolue est quelque peu déroutante », commente le Prof. Stern. « Au cours de la première année de la pandémie, on a pu observer un taux de mutation relativement lent. Cependant, depuis fin 2020, on assiste à l’émergence dans le monde de variants caractérisés par un grand nombre de mutations, dépassant largement les taux prévus ».
Un schéma de guérison apparente
Diverses hypothèses scientifiques ont déjà avancé un lien entre les patients atteints de Covid long et le taux d’accumulation des mutations, mais rien n’avait encore été prouvé. Dans cette nouvelle étude, le Prof. Stern et son équipe rassemblent certaines pièces de ce puzzle complexe et tentent de résoudre l’énigme de la formation des variants du SRAS-CoV-2.
« Certaines personnes développent une infection chronique au coronavirus », explique le Prof. Stern. « Cela signifie que le virus reste dans leur corps pendant une longue période et qu’ils présentent donc un risque élevé d’infection récurrente. Dans tous les cas observés jusqu’à présent, il s’agissait de patients immunodéprimés, c’est-à-dire dont une partie du système immunitaire est endommagée et incapable de fonctionner. En termes d’évolution biologique, ces patients constituent un «incubateur» de virus et de mutations. Le virus qui persiste longtemps dans leur organisme, réussit à s’adapter au système immunitaire et aux traitements qu’ils reçoivent en accumulant diverses mutations ».
Pour réaliser l’étude, les chercheurs ont examiné des patients atteints de covid long au Centre médical Sourasky de Tel-Aviv (Hôpital Ichilov), et ont découvert que certains d’entre eux présentaient un schéma de guérison apparente (sur la base de prélèvements nasopharyngés négatifs), suivi d’une infection virale récurrente. Chez tous ces patients, le virus est réapparue sous une forme mutante, suggérant que la guérison n’avait pas été complète, processus qui rappelle en partie celui du VIH après un traitement médicamenteux inadéquat.
Un environnement «confortable» pour le virus
Après un examen plus approfondi de ces patients, les chercheurs ont découvert que lorsqu’un tel schéma de récupération apparente est observé, le virus continue néanmoins de se développer dans leurs poumons. Ils ont donc développé l’hypothèse qu’il y accumule des mutations, puis remonte dans les voies respiratoires supérieures.
« Le variant parvient à s’installer dans l’organisme des patients chroniques immunodéprimés qui constitue pour lui un environnement « confortable » dans lequel il peut subsister longtemps et se renforcer », explique le Prof. Stern. En d’autres termes, la capacité du virus à survivre et à se reproduire sans restriction dans l’organisme du patient immunodéprimé conduit au développement de nombreux variants.
En outre, les variants trouvés chez les malades atteints de Covid long portent en grande partie les mêmes mutations que celles présentes dans les variants préoccupants d’autres infections chroniques graves, en particulier celles associées à l’échappement aux anticorps dits « tueurs » de maladies. La bonne nouvelle est cependant que, parmi les nombreuses souches de variants qui se forment chez les patients immunodéprimés, la plupart préfèreront y rester plutôt que de passer chez une autre personne. Le risque d’apparition d’un variant à propagation rapide reste donc rare. La probabilité va toutefois en s’accroissant lorsque les taux d’infection mondiaux augmentent.
« La complexité de l’évolution des coronavirus pose de nombreux défis à la communauté scientifique », conclut le Prof. Stern. « Je pense que notre étude a réussi à dévoiler un aspect qui manquait à une vue d’ensemble et qu’elle ouvre la porte à de nouveaux efforts de recherche pour découvrir les origines des différents variants. Par ailleurs, elle souligne l’importance de protéger les personnes immunodéprimées, qui sont à risque élevé de complications du coronavirus, et peuvent également constituer un incubateur pour la formation du prochain variant ».
Photos : Le Prof. Adi Stern (Crédit: Université de Tel-Aviv)
